战双帕弥什指挥局的组织结构围绕团队协作与战略分工展开，其核心架构分为作战指挥层、战术执行组、后勤支援部门及成员贡献体系。作战指挥层由总指挥和副指挥构成，负责制定全局战略、分配战区任务及激活信标增幅系统，这一层级拥有调整指挥局标志、公告和成员职位的权限，同时掌握信标点数的分配权，直接影响团队作战效率。战术执行组则分为构造体专区和授格者专区，分别对应不同属性角色的作战需求，系统会根据成员机体库自动分配试用角色，确保每位玩家都能参与特定战区的挑战，例如左侧蓝色战区限定烬燃等构造体，右侧红色战区要求露娜等授格者出战。
后勤支援部门包含绩点商店与采样分析室两大功能模块，前者通过联合绩点兑换养成素材，后者将戈尘弥音副本产出的地表采样转化为支援模组套件等突破材料。指挥局升级机制采用经验转化模式，满级后多余经验按比例转为信标点数，用于强化攻击力、暴击率等团队增益效果。成员贡献体系以个人积分与团队进度双轨并行，个人通过完成战区挑战积累贡献值解锁宝箱奖励，团队则需协同击破围剿目标血量节点，全公会共享黑卡、基础培养液等资源。
指挥局的权限管理采用层级分明的职位制度，总指挥可修改公告、职位名称及指挥局标志，副指挥协助管理招募与日常运营。普通成员通过参与拟真围剿等玩法获取联合绩点，每周四、周日凌晨5点重置挑战次数。作战策略上强调技能链触发顺序，例如优先激活百分比伤害技能再使用固定伤害技能，高阶公会会利用信标增幅系统动态调整属性加成，形成阶梯式成长机制。
该组织结构的特殊性体现在动态资源分配机制上，科学理事会开发的信标增幅技术可提供多种战斗补强效果，作战总指挥需根据当前版本环境选择强化方向。指挥局商店定期更新卡穆·狂犬授格碎片等限定物品，采样分析室与诺曼复兴战则分别提供元谒进化材料和技能元件。这种设计既保障了个人成长路径的多样性，又通过团队协作机制强化了公会凝聚力，使联合指挥局成为战双帕弥什中兼具策略深度与社交功能的核心玩法。
