主角的技能设计是战斗系统的核心要素之一。主角通常拥有主动技能和被动技能两种类型，主动技能以攻击或控制为主，被动技能则提供增益或特殊效果。以刘备为例，其主动技能斩将能对单个敌人造成350%攻击伤害并附加眩晕效果，被动技能仁德之心可在队友阵亡时复活一名己方单位并恢复50%生命值。技能效果会随着等级提升而增强，例如斩将升至3级可追加定身效果，仁德之心5级能驱散负面状态。不同主角的技能定位差异明显，关羽的七进七出属于牺牲生命换取群体伤害的爆发型技能，张飞的破敌之舞则是通过消耗生命提升防御的生存类技能。
技能的学习与强化遵循明确的成长路径。主角初始拥有基础技能，随着等级提升和装备更换可解锁新技能槽位。已习得的技能可通过消耗资源进行升级，每次升级会提升伤害系数、控制概率或效果持续时间等关键参数。技能强度与主角属性直接关联，攻击型技能的伤害值基于攻击力属性计算，治疗量则取决于生命值或攻击力百分比。控制类技能的成功率受命中率属性影响，抵抗效果则与敌方抵抗率相关。装备精炼、战马搭配等系统会通过提升属性间接强化技能表现，例如增加暴击率可提高暴击相关技能的触发概率。
主角技能存在明显的阵营特色和战术分工。蜀国主角偏向攻守兼备，如刘备兼具输出与团队辅助能力；魏国主角侧重爆发伤害或群体控制；吴国主角以远程攻击和状态加成为主；群雄主角则突出特殊机制。技能组合需要考虑与阵容的协同性，例如高输出技能适合搭配破防型武将，控制技能能与爆发型武将形成连招。部分版本中主角可自由切换技能流派，通过更换特定装备或激活羁绊改变技能形态，这种设计增加了战斗策略的灵活性。
技能释放时机对战斗结果有决定性影响。合理的技能序列能最大化输出效率，例如先使用减防技能再施放高伤害技能。控制技能应在敌方关键单位行动前释放，治疗和增益技能则需在承受伤害后及时使用。部分技能存在冷却时间限制，需要根据战况保留关键技能应对突发情况。在PVP对战中，预判敌方技能并反制是高端操作的核心，例如利用无敌帧躲避爆发伤害或通过净化解除控制。
随着游戏版本更新，主角技能系统持续迭代优化。后续作品引入了军师协同技能、兵种克制加成等新机制，使技能效果更丰富。例如少年三国志：零取消了固定主角设定，改为自由搭配主将技能组合，并加入4x4布阵系统增强策略深度。技能特效表现也逐步升级，从基础动画发展到融合粒子效果和场景互动的华丽演出。这些改进在保留技能核心机制的同时，提升了战斗的视觉表现力和操作乐趣。
